導(dǎo)語:抗體篩選,曾是漫長(zhǎng)而昂貴的""——把基因編輯進(jìn)細(xì)胞,等它表達(dá),再一遍遍篩選。如今,技術(shù)飛速更新迭代,我們不由產(chǎn)生疑問:為什么篩選一定要有細(xì)胞?
一
先講一個(gè)痛點(diǎn)
抗體藥物的研發(fā),卡在哪里?如何從眾多候選序列里,撈出那一個(gè)"對(duì)的人"。傳統(tǒng)雜交瘤技術(shù)慢,一個(gè)克隆一個(gè)克隆地試;噬菌體展示雖好,卻要先把抗體基因轉(zhuǎn)化進(jìn)大腸桿菌,而細(xì)胞轉(zhuǎn)化效率直接決定了文庫天花板——你手里可能握著十億種抗體基因,真正能"上考場(chǎng)"的,卻只有極小一部分。
更麻煩的是,細(xì)胞有自己的“脾氣":蛋白毒性、折疊錯(cuò)誤、表達(dá)量波動(dòng),任何一個(gè)環(huán)節(jié)都可能讓前期努力前功盡棄。
如果有一種方法,能繞開細(xì)胞,讓抗體基因直接在試管里"翻譯"成蛋白質(zhì),邊表達(dá)、邊篩選、邊進(jìn)化,會(huì)怎樣?
二
1961:一管提取物,破譯生命的密碼
從一場(chǎng)"管中窺豹"開始,Marshall Nirenberg 和 Heinrich Matthaei 把大腸桿菌的細(xì)胞壁碾碎,取出一管"細(xì)胞湯"——無細(xì)胞提取物,然后往里加入人工合成的 RNA 鏈 poly-U。結(jié)果,核糖體地把它翻譯成了清一色的苯丙氨酸長(zhǎng)鏈。
就是這管"細(xì)胞湯",讓人類破譯了第一個(gè)三聯(lián)體密碼子:UUU (編碼苯丙氨酸)。無細(xì)胞蛋白合成(Cell-Free Protein Synthesis, CFPS)就此誕生——原來蛋白質(zhì)合成可以不需要完整的細(xì)胞,只需要細(xì)胞里的"零件"[1]。
此后幾十年,CFPS 更多是分子生物學(xué)家手里的"翻譯工具",真正改變抗體篩選命運(yùn)的轉(zhuǎn)折,要等到 1997 年。
三
1997:從核糖體“三連體"到mRNA“共價(jià)焊接"
那一年,兩篇 PNAS 論文改寫了抗體篩選的規(guī)則。蘇黎世大學(xué)的 Hanes 和 Plückthun 發(fā)明了核糖體展示(ribosome display):利用無細(xì)胞翻譯,讓 mRNA、核糖體和新生蛋白形成穩(wěn)定的"三連體"非共價(jià)三元復(fù)合物——基因與它編碼的蛋白在體外實(shí)現(xiàn)物理綁定,無需轉(zhuǎn)化細(xì)胞、無需構(gòu)建質(zhì)粒庫,直接對(duì)抗原進(jìn)行一輪輪淘選,五輪即可把單鏈抗體(scFv)富集上億倍[2]。
同年11月, Roberts 和 Szostak 更進(jìn)一步:用嘌呤霉素把 mRNA 與其編碼的蛋白"焊"成共價(jià)融合體,即 mRNA 展示(mRNA display)[3]。因?yàn)樗Φ袅思?xì)胞轉(zhuǎn)化這一步,文庫規(guī)模從百萬級(jí)躍升到萬億級(jí),抗體篩選第一次擁有了"大海撈針"的底氣。與需要把文庫"放進(jìn)"細(xì)胞的展示技術(shù)不同,體外展示的文庫規(guī)模只受核酸合成與反應(yīng)體積的限制——這正是它能做到萬億級(jí)庫容的根本原因。
體外展示的原理并不神秘:表達(dá)在哪里發(fā)生,篩選就在哪里進(jìn)行。核糖體展示、mRNA 展示與噬菌體/酵母展示并列為主流抗體庫篩選路線。

圖 1:抗體庫展示與高通量篩選流程示意圖
(無細(xì)胞展示路線)[8]
四
2001:從"黑箱"到"精密儀器"
早期無細(xì)胞系統(tǒng)是細(xì)胞粗提物,成分不清、批次不穩(wěn)。東京大學(xué) Ueda 團(tuán)隊(duì)做了一個(gè)嘗試——把翻譯系統(tǒng)"拆開重裝":只用約三十余種純化組分(核糖體、tRNA、翻譯因子、能量再生系統(tǒng))重組出體外翻譯系統(tǒng),這就是著名的 PURE 系統(tǒng)[4]。無細(xì)胞蛋白合成第一次變得像搭積木:想加非天然氨基酸?直接加進(jìn)去;怕背景蛋白酶搗亂?本來就沒有。可控、可編程、可工程化——這三個(gè)詞,為無細(xì)胞技術(shù)后來的"工業(yè)級(jí)"應(yīng)用鋪平了道路。

圖 2:CFPS 系統(tǒng)的核心組分[7]
五
2010 年代:從"篩選"走向"生產(chǎn)"
體外展示負(fù)責(zé)"淘",無細(xì)胞表達(dá)負(fù)責(zé)"造"。
以 Sutro Biopharma 為代表的團(tuán)隊(duì),用大腸桿菌無細(xì)胞體系在數(shù)天內(nèi)直接從線性 DNA 模板合成全長(zhǎng) IgG 抗體,實(shí)現(xiàn)了可放大的體外轉(zhuǎn)錄-翻譯生產(chǎn)[5]。沒有細(xì)胞周期、沒有發(fā)酵罐,96 孔板就是反應(yīng)器——抗體的表達(dá)、驗(yàn)證、迭代被壓縮到幾天之內(nèi)。無細(xì)胞技術(shù)第一次打通了"發(fā)現(xiàn)"與"生產(chǎn)"的邊界,也讓"邊篩邊造"成為可能。這種"無細(xì)胞生產(chǎn)"還繞開了哺乳動(dòng)物細(xì)胞表達(dá)周期長(zhǎng)、批次差異大的老問題——設(shè)計(jì)當(dāng)天就能看到蛋白,在抗體領(lǐng)域堪稱降維打擊。

圖3:開放的無細(xì)胞合成系統(tǒng)示意圖[5]
六
2020 年代:超高通量時(shí)代
展示技術(shù)篩的是"結(jié)合",但很多治療性抗體真正要的是"功能"——中和病毒、阻斷信號(hào)、激活免疫。傳統(tǒng)功能篩選又慢又貴。
液滴微流控給出了新答案:把無細(xì)胞表達(dá)體系封裝進(jìn)皮升級(jí)的油包水液滴,每個(gè)液滴就是一個(gè)獨(dú)立的"微型反應(yīng)器 + 微型化驗(yàn)室",內(nèi)部封裝著一份獨(dú)立的基因模板與表達(dá)體系,互不干擾;配合熒光讀出與介電分選,上百萬個(gè)液滴在微流控芯片里排隊(duì)、反應(yīng)、檢測(cè)、分選。
2025 年,Weitz 團(tuán)隊(duì)在 JACS 報(bào)道了基于無細(xì)胞表達(dá)的液滴微流控平臺(tái),實(shí)現(xiàn)了超高通量、多路復(fù)用地對(duì)無細(xì)胞表達(dá)產(chǎn)物(包括純化蛋白)進(jìn)行功能篩選,該研究以枯草芽孢桿菌脂肪酶 BsLipA 耐熱進(jìn)化作為驗(yàn)證,僅一輪篩選即得到攜帶 9?12 處突變、熱穩(wěn)定性提升>40 ℃的優(yōu)良突變株。[6]。細(xì)胞都不用養(yǎng),通量卻驚人——無細(xì)胞篩選正式進(jìn)入"超高通量"時(shí)代。

圖4:無細(xì)胞表達(dá)來篩選純化蛋白質(zhì)文庫的超高通量液滴微流控平臺(tái)簡(jiǎn)要示意圖[6]
七
未來已來:AI 設(shè)計(jì) × 無細(xì)胞閉環(huán) = 一晚一輪進(jìn)化
如果說無細(xì)胞系統(tǒng)是"加速器",AI 就是"方向盤"。
CFPS 天然適合自動(dòng)化:DNA 合成后直接加入反應(yīng)體系,自動(dòng)化液體處理負(fù)責(zé)"構(gòu)建",高通量讀板負(fù)責(zé)"測(cè)試",機(jī)器學(xué)習(xí)負(fù)責(zé)"學(xué)習(xí)"并設(shè)計(jì)下一輪突變——這正是合成生物學(xué)經(jīng)典的"設(shè)計(jì)-構(gòu)建-測(cè)試-學(xué)習(xí)"(DBTL)閉環(huán)[7]。當(dāng)一輪"設(shè)計(jì)→表達(dá)→篩選→學(xué)習(xí)"可以被壓縮到一夜完成,抗體發(fā)現(xiàn)就不再是"十年磨一藥"的苦旅,而是一臺(tái)持續(xù)加速的進(jìn)化引擎。

圖 5:CFPS 與 DBTL 閉環(huán)的深度融合[7]
寫在最后
回看這 60 多年:1961 年,一管提取物讓我們讀懂生命密碼;1997 年,體外展示讓篩選甩開細(xì)胞;2001 年,PURE 系統(tǒng)讓無細(xì)胞技術(shù)變得可控可編程;今天,液滴、自動(dòng)化與 AI 正在把抗體發(fā)現(xiàn)推向新的極限。

圖 6:從抗體發(fā)現(xiàn)技術(shù)演進(jìn)時(shí)間線[9]
抗體發(fā)現(xiàn)的競(jìng)爭(zhēng),本質(zhì)上是速度與命中的競(jìng)爭(zhēng)。當(dāng)AI一夜生成一萬條候選序列時(shí),誰先跑完"表達(dá)+驗(yàn)證",誰就掌握主動(dòng)權(quán)。CFPS正在成為這條賽道上最關(guān)鍵的基礎(chǔ)設(shè)施之一。如果您正在進(jìn)行抗體發(fā)現(xiàn)項(xiàng)目,希望評(píng)估CFPS技術(shù)能否為您縮短篩選周期、降低早期驗(yàn)證成本——?dú)g迎在后臺(tái)留言,與我們聊聊您的項(xiàng)目需求。
參考文獻(xiàn):
NIRENBERG MW, MATTHAEI JH. The dependence of cell-free protein synthesis in E. coli upon naturally occurring or synthetic polyribonucleotides. Proc Natl Acad Sci U S A. 1961;47(10):1588-1602. doi:10.1073/pnas.47.10.1588.
Hanes J, Plückthun A. In vitro selection and evolution of functional proteins by using ribosome display. Proc Natl Acad Sci U S A. 1997;94(10):4937-4942. doi:10.1073/pnas.94.10.4937.
Roberts RW, Szostak JW. RNA-peptide fusions for the in vitro selection of peptides and proteins. PNAS, 1997, 94(23):12297–12302. DOI: 10.1073/pnas.94.23.12297.
Shimizu Y, Inoue A, Tomari Y, et al. Cell-free translation reconstituted with purified components. Nat Biotechnol. 2001;19(8):751-755. doi:10.1038/90802.
Yin G, Garces ED, Yang J, et al. Aglycosylated antibodies and antibody fragments produced in a scalable in vitro transcription-translation system. MAbs. 2012;4(2):217-225. doi:10.4161/mabs.4.2.19202.
Chen A, Xu W, Zhang XD, et al. Ultrahigh-Throughput Multiplexed Screening of Purified Protein from Cell-Free Expression Using Droplet Microfluidics. J Am Chem Soc. 2025;147(32):28758-28772. doi:10.1021/jacs.5c04962.
Jun JS, Hong S, Park JH, Shin J, Lee DH. Automated and Programmable Cell-Free Systems for Scalable Synthetic Biology with a Focus on Biofoundry Integration. J Microbiol Biotechnol. 2025;35:e2507019. Published 2025 Sep 16. doi:10.4014/jmb.2507.07019.
Wang XD, Ma BY, Lai SY, et al. High-throughput strategies for monoclonal antibody screening: advances and challenges. J Biol Eng. 2025;19(1):41. Published 2025 May 8. doi:10.1186/s13036-025-00513-z.
Sahu A, Das P, Das R, et al. Antibody display technologies from phages to cells: translational bottlenecks and AI-enabled opportunities. Front Bioeng Biotechnol. 2026;14:1789373. Published 2026 May 26. doi:10.3389/fbioe.2026.1789373.
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